Nagyméretű kópiaszám változás (CNV) detekciója teljes genom asszociációs vizsgálatokban

Tanszéki konzulens: 
A munkatárs fényképe
tudományos segédmunkatárs
Szoba: IE427
Tel.:
+36 1 463-2010
Email: psarkozy (*) mit * bme * hu

A kiírás adatai

A téma státusza: 
Aktív (aktuális, lehet rá jelentkezni)
Kiírás éve: 
2016
A kiírás jellege: 
önálló labor
A humán genomban gyakran előfordulnak olyan nagyméretű (több tízezer bázispár hosszú) régiók, amelyek duplikálódnak, vagy kitörlődnek.
A teljes genom asszociációs vizsgálatokban több százezer genetikai polimorfizmus (pontmutációt) mérhető minden egyedben.
A mérések során az egyes mutációkat két különböző fluorescens jelölővel megjelölve meghatározható, hogy az adott mutáció hányszor fordul elő (AA-AB-BB).
Az intenzitás értékeket genomiális pozíció szerint sorba rendezve megfigyelhető, hogy a kópiaszám változások hatására a várttól eltérő intenzitás értékeket mérünk a megváltozott kópiaszámú régiókon.
Az önálló laboratórium során meglevő kópiaszám változás detektáló algoritmusok teljesítményét vizsgáljuk, valamint a változások hatását emberek jegyeire.
A többnyire rejtett markov modelleket (HMM) alkalmazó módszerek eltérő érzékenysége, pontossága nagyban befolyásolja az asszociációs vizsgálat kimenetelét.
Kapcsolódó tantárgyak: 
Bioinformatika
Kapcsolódó tantárgyak: 
Bioinformatika
Csatolt fájlok: