Molekulák virtuális szűrésének megvalósítása Xilinx SDAccel használatával

Tanszéki konzulens: 
A munkatárs fényképe
mestertanár
Szoba: IE336
Tel.:
+36 1 463-2066
Email: szanto (*) mit * bme * hu

A kiírás adatai

A téma státusza: 
Aktív (aktuális, lehet rá jelentkezni)
Kiírás éve: 
2019
A kiírás jellege: 
önálló labor, szakdolgozat/diplomaterv

A gyógyszeriparban folyamatosan emelkedik az új molekulák kifejlesztésének költésge, ezáltal előtérbe kerültek a számítástechnikai szimulációk és előszűrések. Egy fontos feladat a már ismert tulajdonságú molekulához hasonló szerkezeti felépítésű molekulák keresése (ligand-alapú virtuális szűrés). A molekulák jellemzésére tipikusan ún. ujjlenyomatokat használnak, s két molekulát akkor tekintünk hasonlónak, ha az ujjlenyomatuk alapján generált hasonlósági mérőszám (tipikusan a Tanimoto távolság) megfelelően kicsi.

Számítástechnikai szempontból a feladat egyszerűen megfogalmazható: a cél két molekula ujjlenyomat adatbázisban a molekulák páronkénti összehasonlítása (azaz a hasonlósági mérőszám kiszámítása), majd a küszöbértéknek megfelelő párok kiválogatása.

A feladat célja a virtuális szűrésgyorsítására alkalmas rendszer megvalósítása Xilinx SDAccel környezetben. A feladat részei:

  • A Xilinx SDAccel környezet megismerése egyszerű teszt alkalmazás megvalósításával.
  • Virtuális szűrés implementációja SDAccel-ben.

A fejlesztéshez rendelkezésre áll a Xilinx Virtex UltraScale+ FPGA VCU1525 fejlesztői kártya.

Kapcsolódó tantárgyak: 
Logikai tervezés
Kapcsolódó tantárgyak: 
Heterogén számítási rendszerek
© 2010-2019 BME MIT | Hibajelentés | Használati útmutató