Molekulák virtuális szűrésének megvalósítása Logsys Kintex-7 kártyán

Tanszéki konzulens: 
A munkatárs fényképe
mestertanár
Szoba: IE336
Tel.:
+36 1 463-2066
Email: szanto (*) mit * bme * hu

A kiírás adatai

A téma státusza: 
Aktív (aktuális, lehet rá jelentkezni)
Kiírás éve: 
2019
A kiírás jellege: 
önálló labor, szakdolgozat/diplomaterv

A gyógyszeriparban folyamatosan emelkedik az új molekulák kifejlesztésének költésge, ezáltal előtérbe kerültek a számítástechnikai szimulációk és előszűrések. Egy fontos feladat a már ismert tulajdonságú molekulához hasonló szerkezeti felépítésű molekulák keresése (ligand-alapú virtuális szűrés). A molekulák jellemzésére tipikusan ún. ujjlenyomatokat használnak, s két molekulát akkor tekintünk hasonlónak, ha az ujjlenyomatuk alapján generált hasonlósági mérőszám (tipikusan a Tanimoto távolság) megfelelően kicsi.

Számítástechnikai szempontból a feladat egyszerűen megfogalmazható: a cél két molekula ujjlenyomat adatbázisban a molekulák páronkénti összehasonlítása (azaz a hasonlósági mérőszám kiszámítása), majd a küszöbértéknek megfelelő párok kiválogatása.

A feladat célja a virtuális szűrést gyorsító, PCIe gyorsító kártya megvalósítása Logsys Kintex-7 fejlesztői kártya használatával. A feladat részei:

  • PC <-> FPGA PCIe interfész megvalósítása Xilinx gyári core és driver használatával. Az interfésznek a lehető legnagyobb adatátviteli sebességet kell támogatnia.
  • DDR3 memória interfész megvalósítása a Xilinx MIG használatával.
  • Olyan, a virtuális szűrést megvalósító hardver struktúra megvalósítása HDL nyelven, amely jól illeszkedik a DDR3 memória által igényelt hetékony hozzáférési mintához.
Kapcsolódó tantárgyak: 
Logikai tervezés
© 2010-2019 BME MIT | Hibajelentés | Használati útmutató