Tanszéki konzulens: 

Marussy Kristóf adjunktus Szoba: IB417 Tel.: +36 1 463-3586 Email: marussy (*) mit * bme * hu

A gyógyszerkutatásban és a biokémiában kulcsfontosságú informatikai kérdés az ismert kémiai reakciók reprezentációja, illetve a reakció utak és szintézisek tervezése. Ehhez számos adattípus és technika áll rendelkezésre, azonban ezek csak korlátozottan képesek a reakció családok közös jellemzőinek, valamint az egyes molekulák szimmetriáinak reprezentálására. A közelmúltban jelentek meg olyan új matematika eredmények, melyek segítségével lehetséges a szimmetriákat figyelembe vevő gráf alapú absztrakt molekula- és reakcióreprezentáció készítése. Azt várjuk, hogy egy ilyen reprezentáció nagyban megnövehetné a reakciókkal dolgozó gépi tanulás algoritmusok hatékonyságát, így akár újszerű gyógyszerek előállítását vagy eddig ismeretlen biokémiai folyamatok felderítését is lehetővé téve.

A feladat ezeknek az új eredményeknek vizsgálatát tűzi ki célul, gráf alapú logikai következtetők, kémiai informatikai szoftvercsomagok (pl. RDKit) és reakció adatbázisok segítségével.

A feladat felhasználja a tanszéken fejlesztett Refinery gráfalapú formális logikai következtető keretrendszert (online demó: https://refinery.services). A témán dolgozó hallgatók olyan nemzetközi élvonalba tartozó gráfalapú formális logikai következtető algoritmus fejlesztéséhez csatlakozhatnak, amely skálázódás tekintetében vetekszik az MIT vagy a Microsoft Research kutatói által kidolgozott SMT vagy SAT megoldókra alapuló módszerekkel.

A feladatra akár több hallgató is jelentkezhet, a pontos részfeladatok és kiírás meghatározására a konzulenssel egyeztetve kerül sor.